有充分的文獻記載，當現代人類從非洲遷出時，他們遇到了尼安德特人並與之交配，這導致尼安德特人DNA大量整合進入人類基因組。有趣的是，較少人知道的是，尼安德特人基因組中也含有現代人DNA的片段。
遺傳的尼安德特人DNA因個體而異，不同的人偶然擁有不同的片段。然而，有些特定區域被稱為「尼安德特沙漠」，那裡明顯缺乏尼安德特人DNA。其中最廣泛的沙漠是X染色體，這引發了關於這是否反映基因進化成功或者由於繁殖行為的討論。
在賓夕法尼亞大學的一項近期研究中，研究人員Alexander Platt、Daniel N. Harris和Sarah Tishkoff進行了尼安德特人基因組分析，特別關注他們的X染色體。他們的發現顯示了現代人DNA的顯著存在，他們解釋這是選擇性繁殖的證據。這暗示尼安德特人男性可能偏好現代女性作為配偶，影響了後代。
我們在研究什麼類型的選擇？
考慮到尼安德特人和現代人類長期分離，一些基因不相容性可能已經產生。蛋白質在複雜網絡中相互作用，它們可能一起進化，這意味著重新引入原始基因變異可能破壞這些網絡並降低適應度。
這意味著引入現代人進入尼安德特人或相反的某些基因可能會擾亂基因網絡，降低攜帶者的適應度，最終通過自然選擇被淘汰。當然，某些基因片段可能純粹偶然消失，因為人類基因組的巨大規模和不斷擴大的現代人類人口稀釋了外來基因的影響。確定哪種因素占主導地位是一個複雜的科學挑戰。